就这样，汪直以西厂为据点，勾结一些朝官结党，排除异己，陷害忠良，权倾天下，弄得朝野上下人心惶惶，反对之声不绝于耳。此时，以大学士商辂为首的辅政大臣挺身而出，集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直肆意二位的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后大为震惊，于是撤销了西厂，遣散了西厂的工作人员。此时距西厂成立仅仅只有五个月时间，但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感。宠臣戴缙得知他的这种心思后，便主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗看了大喜，立刻恢复西厂，并给戴缙升了职。西厂，这个宪宗精心布局的特务机构，撤销与恢复之间，仅仅相隔一个月。西厂恢复了，汪直再次成为西厂的领导，更加肆无忌惮地严酷办案，在此后的五年里，汪直领导西厂又办下了无数的大案、要案，并将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。但俗话说：“物极必反”，汪直极度膨胀的权力不能不引起宪宗的警觉，在其后的权力角逐中，汪直败北，被调出京城，西厂也随之解散。几年以后，汪直在失意中落寞地死去。
到了明宪宗的孙子明武宗继位后，大太监刘瑾擅权专政，太监势力再度兴起，西厂复开，由太监谷大用领导。但令刘瑾始料不及的是，西厂与东厂虽然都受他一个人的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。为了改变这种情况，刘瑾又自建了一个内行厂，由他自己直接领导，其职能与东西两厂一样，但侦缉谍报的范围更大，甚至包括锦衣卫和东西两厂。一时间，锦衣卫、东西两厂、内行厂四大特务机构并存共生，一时间京城内外缇骑四出，特务横行，天下骚动，民怨蜂起。直到五年后，也就是明正德五年，即公元1510年，刘瑾倒台被杀，武宗才下令撤销西厂和内行厂。西厂和内行厂作为一个孽生的临时产品，就这样在中国的历史上永远地消失了。
最后说说锦衣卫和东厂、西厂，以及内行厂的区别和关系。大明王朝的这四大特务机构虽然都是朝廷实行间谍政治的工具，但它们相互之间还有明显区别的。锦衣卫的指挥使一般都是当朝皇帝的心腹武将，其属下的侦缉谍报人员大都是来自御林军，或者是专门招募的强兵悍勇，其势力范围一般在京城和京畿附近；而东厂、西厂，以及内行厂的特务头子都是清一色的太监，其属下侦缉谍报人员也都是太监出身，其势力范围遍及全国各地，因此在偏远地区也能看到“厂”字号特务的身影。
这“厂”字号的三大特务机构在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。而西厂、内行厂又居于东厂之上。由于这“厂”字号的三大特务机构的首领都是宫中太监出身，与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。他们和锦衣卫的关系，逐渐由先前的平级关系变成了后来的上下级关系，在太监权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂的特务头子甚至要下跪叩头。这“厂”字号的三大特务机构的建立，成为了大明王朝太监擅权祸国所依靠的强大力量。由于太监的权势越来越大，致使参加太监队伍的人越来越多。据有关史料记载，明朝晚期，全国就有十万太监之众，难怪史称明朝是太监的国度！
其实，朱元璋精心构建明朝的间谍政治制度的初衷，也是为了加强皇权统治，以限制朝臣权力过大。但是不幸的是，朱元璋的子孙们虽尽皆聪明，但却一个个懈怠朝政，宠信太监，使得间谍政治本身的缺陷被加倍放大。自明成祖以后，太监权力日益强大，皇帝与朝臣都在行政体系中基本都被边缘化了，明朝的命脉逐渐为太监集团所把握。这也就是大明王朝之所以成为太监国度的根本原因。
