日本的黑道家族表面上和黑手党家族的结构一样，由组长(kumicho，相当于黑手党的教父)来统管整个家族，在他之下还有若干舍弟、干部、若头，形成一个金字塔结构。此外，各地区还有各地区的头目、副手、顾问以及众多的普通会众，这让日本黑帮的结构更加复杂。有的黑帮家族的结构有所不同，是由小帮派结成的联盟。
黑帮组织中的核心架构是一种类似父子的关系，这一关系把所有的组织成员牢牢地绑在了一起。在黑帮家族中，“父亲”会借助其影响力来保护“儿子”，同时给予“儿子”忠告和指导，以此换取“儿子”完全的忠诚和无条件的服从。日本社会对荣誉和传统的重视也进一步加强了这种关系。但如果“儿子”没有完成“父亲”交待的任务时，这种父子关系并不能保护他免受惩罚，例如逐出帮派甚至断指。家族中的每一个人都可能既是“父亲”又是“儿子”面对上级时扮演“儿子”的角色，面对下属时则扮演“父亲”的角色。
不论是加入黑帮家族还是在黑帮家族中结为父子关系都需要举行一种特殊的仪式。在仪式中，主持者先为新加入的成员和他的老大各倒一杯酒，让二人各喝一点，随后交换酒杯再喝一点。老大要将杯中的酒喝完，而新人只能小口啜饮。
尽管许多日本黑道家族有明显的民族主义烙印，但有的帮派也会吸收韩国成员。日本人常常瞧不起韩国人，这加剧了日本黑道的卑下地位。而日韩之间高回报的走私交易也加强了韩国对日本黑帮的影响。
