达尔文写道：“这些不同寻常的生物几乎可以称为活化石;它们一直存活到了现在，分布于有限的区域内，所受到的竞争压力也因此没那么激烈。”在那个时代，我们现在已知的许多活化石物种还没有被发现。1938年在南非，一位名叫玛罗丽·考特内-拉蒂迈(Marjorie Courtenay-Latimer)的博物学家在检查鱼类标本时，发现了一种原本以为已经灭绝的鱼类。这种鱼后来被命名为西印度洋腔棘鱼(Latimeria chalumnae)，科学家原以为它们在6500万年前就已经灭绝。
腔棘鱼的历史可以追溯到3.9亿年前。它们是大型的深海鱼类，能长到2米长，鱼鳍上长有肌肉，如同肢体，鳍上也有鳞片覆盖，且全身鳞片上长有斑点。现存的腔棘鱼有两种，一种是西印度洋腔棘鱼，另一种为印尼腔棘鱼(L. menadoensis)，二者是肉鳍鱼类最后的幸存者。
“腔棘鱼的发现让‘活化石’变得广为人知，”古生物学家理查德·福提(Richard Fortey)说，“这是个戏剧性的发现，所有人都认为它们已经和恐龙一块灭绝了。”不过，腔棘鱼更为重要的意义是告诉了我们有关陆地动物演化的信息。
大约4亿年前，一些鱼类以鱼鳍为肢体，开始登上陆地。这些先行者开启了陆地四足动物演化的序幕，包括从蜥蜴到青蛙，从鸟类到人类等陆地脊椎动物都由这些鱼类分化而来。2013年，科学家对西印度洋腔棘鱼的基因组进行了测序，发现它们是最接近第一批陆地动物的物种。不过，这还不足以使它们成为真正的“活化石”。同样发表于2013年的另一项研究称，通过对腔棘鱼化石和DNA的检测，发现现存的两个物种与它们恐龙时代的祖先具有显著差异，这种差异不仅表现在基因水平，而且表现在体型特征上。
“(活化石)这个词暗示在很长的时间跨度内，演化没有在生物体上体现出来，”西雅图Benaroya研究所的克里斯·阿梅米亚(Chris Amemiya)和马克·罗宾森(Mark Robinson)说，“而在腔棘鱼身上这显然是不成立的。”阿梅米亚和罗宾森都从事腔棘鱼基因组的研究。
简而言之，腔棘鱼的骨骼已经发生了改变，它们的第二背鳍从棘刺变成了肉叶状，失去了口部边缘的骨骼。4亿年前的腔棘鱼与现在的腔棘鱼已经不大一样，那么，还存在身体结构没有变化的动物吗?
鲎虫看起来比腔棘鱼更像是远古生物。它们都长着宽阔、平坦的背甲，下面藏着头部和节状的腹部，尾节的两侧是一对细长的尾叉，如同天线。鲎虫的分布地点可以相隔很远，中国、欧洲和美洲都有，它们已经存活了3亿年，是二叠纪大灭绝的幸存者。
根据2013年的一项研究，鲎虫在数百万年时间里经历了显著的分化。研究负责人、英国赫尔大学的阿非利加·戈麦斯(Africa Gómez)说：“存在着许多演化的清晰证据。”事实上，鲎虫之所以存活至今，关键可能就在于它们的繁殖方式。鲎虫是雌雄同体的，可以单独产生后代。
鲎虫是自体受精的雌雄同体动物，在卵巢中具有能产生精子的器官，因而能给自己的卵细胞授精。“雌雄同体或许可以使生物能更好地占据栖息地，”戈麦斯说，“因而在一些环境变化频繁的区域，它们就具有更大的优势。”特别是在20000年前的末次冰期末期，欧洲北部被冰盖覆盖。当冰雪融化是，新的洪水平原、河流和湖泊出现，雌雄同体的动物如鲎虫等，就能以相对较快的速度占据栖息地。
