减少赔款
传说谈判中日本要求中国赔偿三万万两白银，但李鸿章挨了一颗子弹以后，日本当即减少一万万两赔款，此说并不属实。历史上李鸿章是在第三轮谈判后遇刺的，当时日方根本没有要求清朝赔款三万万两。1895年4月1日第四轮谈判时，日本才亮出了三万万两白银的赔款。4月3日，陆奥宗光在致日本驻各国使节的电报中明确说：“作为获得伟大胜利之结果，我方要求之条件决非过高，而提出较次更少之要求，日本国民终究不能满意”，要求他们对列强“相机为我方要求条件进行辩护”。 由此可见，日本起初是咬定三万万两的赔款条件的。到了4月9日，中方向日方提交了赔款改为一万万两的修正案，与此同时日本人在破译李鸿章电报时看到“倘彼犹不足意，始终坚执……只有罢议而归”一句时感到恐慌，因为日本最害怕的状况就是李鸿章停止谈判归国，引发列强干涉，于是伊藤博文等决定作出让步，明治天皇也说，万一谈判破裂，即便日军打到北京，也“难免要受外国的干涉，最后割据的领土也将成为泡影”，遂同意让步方案。4月10日第五轮谈判，日本出示的最终修正案中将赔款折中为二万万两白银，此后不再更改。从日本减少赔款的过程可以看出，其关键因素是对欧美列强的忌惮，而并非小山丰太郎行刺后为抚慰李鸿章所致的。小山丰太郎行刺所导致的直接后果就是日本同意无条件停战，最多只能看作是减少赔款的间接因素。李鸿章在奏折中则将日本让步归结为自己“力与坚持，多方开导”的结果，虽不无自夸之嫌，但也没提及他是被日本人枪击后才减少了一万万两赔款的。
不履日地
李鸿章在《马关条约》谈判时费尽心力，伊藤博文则态度强硬，极尽羞辱之能事。在条约缔结前最后一次谈判时，李鸿章对伊藤博文说：“没有想到阁下是如此严酷执拗之人！” 随后愤然离去。李鸿章登船回国，发誓终生不再踏上日本土地。一年后李鸿章访问美国时途经日本，果然因“衔马关议约之恨，誓终身不复履日地，从人敦劝万端，终不许”，终于没在日本上岸。
弃台传闻
传说李鸿章曾向慈禧太后或光绪皇帝进言“台湾鸟不语，花不香，男无情，女无义，割让出去并不可惜”，这句话被广为引用。然而也有相关研究及评论者指出，根据所有可见史料档案，未能发现李鸿章发表这段评语的记录。相反，李鸿章在与当时日本首相伊藤博文进行《马关条约》的谈判时曾声明“台湾土地肥沃、物产饶多，民亦服王化，设官署，置吏员，纯然如本土” 、“拟请所让之地，如果勒令中国照办，两国子子孙孙永成仇敌，传至无穷矣” 、“台湾已立一行省，不能送给他国” ，等等。
