消失的“江东”与庞大的南直隶
朱元璋推翻元朝建立大明，定都南京应天府。明代改前元的“行（中书）省”为承宣布政使司（习称仍为“行省”），江西行省因之改为江西布政使司而延续。但明朝也不曾恢复故宋的“江东”，而是以应天府所在周边区域为“直隶”。于是太湖流域的财富之区尽属直隶，旧两浙西路只剩下治所杭州府与各方面均无足轻重的严州府（属今杭州市），与旧两浙东路合建浙江省。
由于凤阳是朱元璋的桑梓之地，也是祖先陵寝所在，太祖皇帝的乡土观念使得明初的“直隶”北界竟越过了淮河，大体上囊括了宋代的淮南东路、淮南西路、江南东路、两浙西路的广阔区域。大概朱元璋自己也觉得这个直隶着实大得离谱，于是一开始就将原江南东路的信州府（今上饶）等地改隶江西省，洪武十四年（1381）又将旧两浙西路的湖州、嘉兴两府还属浙江省。
随着明成祖把首都迁往北京顺天府，改北平行省为（北）直隶，南京降为留都，管辖区域相应改为南直隶（今安徽省、江苏省与上海市），遂形成明朝所谓（南北）两京十三省的体制，而只剩下形影相吊的“江（南）西”。
整合宋代多路的南直隶大体范围
以往历朝历代的留都，多只是荣誉上的虚衔，不曾设有与都城一样完整的行政机构，“商迁五都，不别置员。周营雒邑，惟命保釐。汉、唐旧邦，止设京尹。宋于西京，仅命留守”。而明朝的留都南京却同样设有一套完整的中央行政机构，“设二都于南京与北京，造就了两个都市区，从而将中原的两端均置于国都的直接管理之下。这是中国中央集权化的重要步骤。”
两京制度下的留都机构设置同于北京，只在前面加上“南京”二字，设有宗人府及（南京）吏、户、礼、兵、刑、工六部，建制同北京明朝中央的六部无甚差别。通常有一尚书总领五侍郎留陪都，以南京兵书尚书专任参赞机务，与勋臣担任的南京守备及守备太监一起构成留都权力核心。
南京官员名义上是“京官”，与地方各级布政司、按察司、都指挥使司等官不同，但就职权范围而言，仅限于南京及所辖南直隶地区，对其他地区事情无过问权，更无指挥权，实与其他行省无异。南京六部官员多为闲职，称为“吏隐”，如景泰年间，何乔新任南京礼部主客司主事，“政务甚简，终日闭户读书”，明代中后期之后，“大臣有不合目忌之者，即打发至南京”，南京各衙门更是沦为政争失势者的收容所。
虽然如此，迁都后南京政治地位的降低只是相对京师（北京）而言，作为两京之一，南京实际上是明朝的一个备选首都。土木堡之变时徐有贞等人就曾主张南迁;崇祯末年，在与满洲及农民军作战屡败时，北京岌岌可危时连崇祯帝的皇后也说“我们在南边还有一个家”。最后，在李自成攻陷北京后，当年四月初八，消息传到南京，仅过了一个月（五月十五），利用南直隶完备的机构设置，南明弘光政权就成立了。
