臭豆腐闻起来臭、吃起来香。这种奇香是一种产生蛋白酶的霉菌分解了蛋白质，形成了极丰富的氨基酸，使味道变得非常鲜美，臭味主要是蛋白质在分解过程中产生了硫化氢气体造成的。硫化氢是具有刺激性和窒息性的无色气体，有臭鸡蛋气味，低浓度接触仅刺激呼吸道及眼的局部，高浓度时会使人感到头痛、头晕和恶心，甚至使人死亡。
研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。
据了解，传统工艺对臭豆腐的制作流程要求十分严格，必须经过油炸、加卤和发酵几道程序。整个制作过程要求在常温下进行，而且对温度和湿度的要求也非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌污染。有一种叫“肉毒梭菌”的毒菌，常会随臭豆腐的制作而繁衍其中，特别是土法制作，一般是将一块块的豆腐煮熟后分成若干小块再一层层地置于容器中，然后封住封口。这时，如果封得密不透风，就酿下了大祸：这种“肉毒梭菌”就会乘机繁衍。这样的臭豆腐食用后会出现全身无力、头痛、食欲不振、视力模糊等中毒症状。
