王祖贤与齐秦曾有一段感情，齐秦的成经典歌曲《大约在冬季》就是写给王祖贤地，以寄托两人相隔两地的感情。据说，齐秦创作这首歌曲只用了15分钟。
1993年圣诞节，王祖贤与林建岳公开恋情，双双出国度假，先后飞往加拿大、拉斯维加斯及夏威夷，直到次年1月10日才返回香港。途中媒体一路跟随并报道，在香港造成很大反响。两人度假返港后，随即一起在三千万豪宅同居。当时的林建岳已有5个儿女，他的家人也专门召开记者会，指责王祖贤为第三者，甚至不堪入耳的辱骂为“狐狸精”！王祖贤不得不与林建岳分手，回到台湾，回到齐秦的身边。
2000年左右，王祖贤和齐秦已经到了谈婚论嫁的地步。正当他们准备结婚的时候，却爆出齐秦有个私生子。2001年8月，齐秦的前女友方美芳以儿子方伟的名义将齐秦告上法庭，并索要抚养费1500万元台币。齐秦在服兵役的时候和方美芳在一起，只不过后来齐秦越来越红，两人分手之后，方美芳才发现有了齐秦的孩子。
被官司一闹，王祖贤已经没有结婚的心思了。2001年10月，在齐秦不知情的情况下，王祖贤宣布退出影视圈，远赴国外留学。
据传，王祖贤现在有个小男友，比她小19岁。王祖先在加拿大重返校园，在一间国际语言学校读书，期间和1名男同学谱出恋曲。
